Porsche ging vanmorgen lopen met de eerste startrij in Fuji, nota bene op Toyota's eigen bodem. Brendon Hartley en Earl Bamber reden in de gietende regen de beste gemiddelde tijd van 1:35.160, een kleine tiende van een seconde beter dan de zuster-Porsche 919 Hybrid met startnummer 1. Toyota #8 van Davidson, Buemi en Nakajima gaf slechts twee tienden toe op de snelste Porsche, de startnummer 7 eindigde echter op bijna anderhalve seconde.
In LMP2 is de eerste startrij voor Vaillante Rebellion. Beche, Heinemeier Hansson en Piquet Jr. waren bijna een seconde sneller dan hun teamgenoten en reden een tijd genoeg voor de vijfde plaats algemeen achter de LMP1's. Porsche bleek ook dominant in GTE Pro met de pole voor Fred Mackowiecki en Richard Lietz. Zij hielden de beide Ford's van Chip Ganassi Racing achter zich. In GTE Am was de Clearwater Racing Ferrari verrassend de snelste.